ผู้ควบคุมดำเนินการแก้ไขเส้นทางในวันที่ 28 มกราคม 30 มกราคม และ 9 มีนาคม 2549 หนึ่งเดือนต่อมา ในวันที่ 7 เมษายน 2549 นิวฮอไรซันส์ผ่านวงโคจรของดาวอังคาร โอกาสบังเอิญในการทดสอบเครื่องมือบางอย่างของยานอวกาศ โดยเฉพาะ Ralph (เครื่องถ่ายภาพและสเปกโตรมิเตอร์ที่มองเห็นได้และอินฟราเรด) เกิดขึ้นเมื่อวันที่ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2549 เมื่อ New Horizons ยานสำรวจ ผ่านดาวเคราะห์น้อยขนาดเล็กชื่อ 132524 APL ที่ระยะประมาณ 63,300 ไมล์ (101,867 กิโลเมตร) ). ยานอวกาศบินผ่านดาวพฤหัสบดีซึ่งเป็นดาวเคราะห์ที่ใหญ่ที่สุดในระบบสุริยะเพื่อเคลื่อนที่ด้วยแรงโน้มถ่วงเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 โดยเข้าใกล้ที่สุดเมื่อเวลา 054340 น. UT การเผชิญหน้ากันทำให้ความเร็วของยานอวกาศเพิ่มขึ้นประมาณ 9,000 ไมล์ต่อชั่วโมง (14,000 กิโลเมตรต่อชั่วโมง) ทำให้การเดินทางไปดาวพลูโตสั้นลงสามปี