แบคทีเรียแต่ละตัวสามารถมีรูปร่างพื้นฐานหนึ่งในสามรูปร่าง: ทรงกลม (coccus) รูปแท่ง (บาซิลลัส) หรือโค้ง (vibrio, spirillum หรือ spirochete) การเปลี่ยนแปลงที่เห็นได้ชัดเจนในรูปร่างที่แท้จริงของแบคทีเรีย และเซลล์สามารถยืดออกหรือบีบอัดได้ในมิติเดียว แบคทีเรียที่ไม่แยกออกจากกันหลังจากการแบ่งเซลล์ก่อตัวเป็นกลุ่มที่มีลักษณะเฉพาะซึ่งเป็นประโยชน์ในการระบุตัวตนของพวกมัน ตัวอย่างเช่น cocci บางชนิดพบเป็นคู่เป็นหลัก ได้แก่ Streptococcus pneumoniae ซึ่งเป็นเชื้อนิวโมคอคคัสที่ทำให้เกิดโรคปอดบวมจากแบคทีเรียและ Neisseria gonorrhoeae ซึ่งเป็นเชื้อ gonococcus ที่ทำให้เกิดโรคหนองในที่ติดต่อทางเพศสัมพันธ์ สเตรปโตคอคคัสส่วนใหญ่มีลักษณะคล้ายเม็ดบีดยาว ในขณะที่สแตฟฟิโลค็อกซีก่อตัวเป็นกระจุกแบบสุ่ม แบคทีเรีย (ชื่อ "สแตปฟิโลค็อกซี" มาจากคำภาษากรีก staphyle ซึ่งแปลว่า "พวงองุ่น") นอกจากนี้แบคทีเรีย coccal บางชนิดยังเกิดขึ้นเป็นแพ็คเก็ตสี่เหลี่ยมหรือลูกบาศก์ แบคทีเรียรูปร่างเป็นแท่งมักเกิดขึ้นเดี่ยวๆ แต่บางสายพันธุ์ก่อตัวเป็นสายโซ่ยาว เช่น แบคทีเรียรูปแท่งที่อาศัยอยู่ในปากซึ่งมักเกาะติดกันเป็นมุมสุ่ม บาซิลลัสบางชนิดมีปลายแหลม ในขณะที่บางชนิดมีปลายเป็นสี่เหลี่ยม และบางแท่งจะงอเป็นรูปเครื่องหมายจุลภาค ก้านที่งอเหล่านี้มักเรียกว่า vibrios และรวมถึง Vibrio cholerae ซึ่งทำให้เกิดอหิวาตกโรค รูปร่างอื่นๆ ของแบคทีเรีย ได้แก่ สไปริลลา ซึ่งบิดงอและงอกลับได้ และสไปโรเชเตส ซึ่งก่อตัวเป็นเกลียวคล้ายกับเกลียว ซึ่งตัวเซลล์จะพันรอบเส้นใยส่วนกลางที่เรียกว่า เส้นใยแกน